Возможно просто не стоит необходимый кодек в винде
Также попробуй более новую версию премьера, новый премьер использует DSP модуль в видеокарте, что очень сильно ускоряет работу с видео, практически онлайн(при хорошей мощной видюхе).
DSP может знать кодек камеры т.к. она кодирует тоже с помощью DSP ).
mencoder может перекодировать все что угодно во что угодно и бесплатный, но он достаточно сложный т.к. консольный.
Пример документации
http://help.ubuntu.ru/wiki/mencoder [help.ubuntu.ru] это очень малая часть возможного, нужно гуглить.
Есть версия для виндовс, все кодеки содержит в себе, в системе им быть не обязательно.